秘書室承校長之治校理念，負責全校行政業務之協調與整合，充分支援教學及研究，協助跨單位之橫向連結，塑造和諧的行政環境，訂定明確的分層負責授權，建立合理化且制度化之行政程序；另為使各項重要政策與議題獲致充分溝通及宣導，定期召開重要會議(校務會議及各常設委員會、行政會議、校務基金管理委員會等)，並針對會議決議進行追蹤、列管及考核，以確保持續監督。

秘書室下設秘書組、校友服務中心及出版中心，主要負責全校綜合性會議議事及管考、文稿審核、校友服務、募款、新聞公關、出版品及校史室等相關業務，並協助校長推動各項校務政策。組織圖如下：